加入世界贸易组织后，WTO国际协定开始对中国产生法律效力。世界贸易组织协定是国际条约，属国际法范围。在国际条约与国内法的关系上，传统理论存在一元论和二元论之争。其实质则是是否赋予国际条约以直接效力问题。所谓直接效力，是指诉讼当事人可依据国际条约对国内法或行政机构的措施提出异议，要求法院根据国际条约裁决国内法无效，行政机构措施违法。实践中，一项国际条约是否具有直接的国内效力，各国的作法大体上可分为三种。第一种做法是:一国参加的国际条约自动成为该国国内法的一部分，并对该国发生普遍的直接适用效力，无需另行制定专门的实施法律，此即“一元论”的观点。第二种作法为:国际条约一般并不具有自动执行的特点，而是需要借助于国内的单行实施性法律，对该国来说，可适用和具有直接效力的是该国的国内立法，而非国际条约本身，此为“二元论”观点。第三种作法是兼采上述“一元论”和“二元论”的观点，认为对国际条约须作具体分析，有些条约被视为可自动执行的，而另一些条约则不具有自动执行性，如须执行，则需通过国内立法转化，方可实施。究竟是“自动执行”还是“非自动执行”，则要根据该条约本身的内容与性质而定。
对于从WTO规则是否具有直接适用的效力，美国、欧共体和日本法律都不承认认可WTO规则具有直接适用效力。WTO专家组也在美国301条款案件中对WTO规则是否能在成员内产生直接效力作了论述。专家组认为根据直接效力原则，指向国家的义务被解释为对私人产生法律上可执行的权利和义务。GATI，和WTO规则目前没有被解释为产生直接效力的法律秩序。遵循这一做法，GATT、WTO没有创造其主体既包括缔约方也包括其国民的新的法律秩序。WTO机构至今没有将任何义务解释为产生直接效力的事实，并不必然排除在特定成员的法律制度中成员国政府承担协定义务时，按照国内宪法原则赋予私人权利。专家组对事实的陈述并不对国家法院在该问题上的裁决作出预先决定。可以说在WTO的法律秩序中是间接效力原则，而不是直接效力原则。
关于国际条约和国内法的关系，中国宪法中并没有明确规定。在1986年颁布的《民法通则》中规定了“中国缔结或参加的国际条约与中国的民事法律有不同规定的，适用国际条约的规定，但中国声明保留的条款除外”。此后，在票据法、海商法和合同法中也有类似的规定。我国不宜承认WTO规则的直接适用效力。首先，是否给予直接效力，有关协议并没有要求，这是由成员自主决定的问题。上述WTO专家组也认为仅是间接效力原则。不给予直接效力并不违反有关协议。其次，我国全面遵循WTO的有关协议会有一个过渡期，实施有关协议的过程是一个渐进的过程，我国承诺的义务应据加入议定书确定，而不是独立地适用有关协议。第三，我国法院目前不足以承担这一任务，依据WTO的有关规则对国内法或行政机构的措施进行审查，且目前法院没有对国内法的司法审查权。是否违反有关协议的要求，或违反我国应承担的义务，很大程度上依赖于对有关协议本身的审查、解释，依赖于对争端措施的审查。对有关协议的解释，由于语言、文字、资料、素质、方法等的限制，我国的法院目前不可能对有关协议的含义作出比较准确的解释。第四，WTO本身有争端解决程序，如果我国法律、规章和行政管理措施违反了有关协议的要求，其他成员会与我国进行协商，在协商未能导致双方满意的结果时，对方可向争端解决机构提出设立专家组的申请。从本质上说，WTO规定了成员对成员义务。DSU明确规定与WTO有关协议不一致的争端，应诉诸争端解决程序并遵循有关的规则和程序，不允许成员单方面作出裁定或措施。如果不一致的情况存在，应由DSB通过裁定，提出建议、提供授权。据此如果没有DSB的裁定，成员方应没有类似义务。由于世界贸易组织有关协议不具有在国内直接适用的效力，因此世界贸易组织的有关规则必须在国内法中得以体现。这便需要对中国法律进行修订、补充。我国近20年来的法制建设一直是在改革开放的背景之下进行的，世贸组织对我国的接纳也表明我国的法律制度与WTO规则是相一致的，因而我国现行法律制度与WTO规则之间己不存在大的冲突。当然，在加入世界贸易组织之后，为了履行我国政府的条约义务，我们还需要进一步完善我国的法律。更重要的是，世界贸易组织最大贡献之一是确立了争端解决制度。对与成员的法律及其适用有关的争端，有关成员应根据争端解决制度的有关规则和程序提交争端机构处理。如成员的法律或适用与有关协议下的义务不一致，任何成员，无论是否受其直接影响，都可以对其提出协商要求，在协商未果的情况下提交争端解决机构;如果争端解决机构作出了不利于该受诉成员的裁定，该成员应修订其法律或措施，否则即受到争端解决机构授权的报复。这些都表明如果中国的法律与世界贸易组织有关协议下义务不一致，就可能面临着其他成员提出的大量的申诉请求，这些请求勿需与申诉方有直接利益关系，甚至申诉方勿需对中国有出口。因而，中国如违反最惠国待遇将面临大量申诉，一方面将直接造成用于应付申诉的大量外汇费用和精力，另一方面将影响中国的形象，使其他成员对中国履行有关协议下的义务的能力和诚信缺乏信心。更为重要的是，如果不改与世界贸易组织规则不一致的国内法律、法规，其他成员就会中止对中国己作出的减让或其他义务，或者对中国进行报复，这就违背了中国加入世界贸易组织的初衷，与我国的利益相悖。
